São várias as dificuldades que podem ser encontradas no ensino de biologia no ensino médio:
1 Falta de interesse dos alunos: Muitos alunos não têm interesse na matéria por não ser útil em seu cotidiano, o que pode tornar o ensino pouco atrativo e desafiador para o professor.
2 Abordagem teórica excessiva: Muitas escolas priorizam a teoria abdicando-se da prática.
3 Falta de conexão com o mundo real: Alguns alunos podem não conseguir ver a relevância da biologia em sua vida, o que pode tornar a disciplina menos interessante e mais difícil de aprender.
4 Falta de recursos e equipamentos básicos: Mesmo tendo um maior acesso às novas tecnologias, ainda hoje muitas escolas não têm acesso a recursos e equipamentos adequados para ensinar biologia, o que pode dificultar a demonstração de conceitos e práticas experimentais.
5 Capacitação dos professores: Muitos professores não se sentem contemplados com tamanha demanda de exigências, desproporcional a suas remunerações.